张献忠觉得在成都建都是一个错误，他开始怀念当年几千骑兵纵横四海的滋味，哪里薄弱哪里去，走到哪里抢到哪，每天过的是大块吃肉大碗喝酒的快活日子，不需要这么费心费力地防守城池。
他打算撤离四川，回到他的家乡陕西。但是，他恨死了四川人，走之前，得把川人杀光，财物抢光，带不走的烧光，不能留给其他人。张献忠决定屠蜀，理由是“自我得之，自我灭之，无使他人得”。于是，在屠城计划之后，他又开始了屠杀农村民众的计划。
张献忠发布了“除城尽剿”令，令军队出城，消灭所有农村人口。“除城尽剿”的意思是：城里已经杀完了，现在要到城外去剿杀，除了城里，其他地方一律剿杀。
据荣县、洪雅等地方县志记录，具体做法是：凡剿一处，先确定此处边界，军队四面围住，“次日开剿，四下齐向中央搜杀，如围场合龙口之状”，搜出来的人，“不论男女老幼，逢人则杀”，“剿毕，复扒草寻穴，细搜数日乃复命”。
以什么作为验功标准？那就是手掌数目。欧阳直记载：“每官兵回营以所剁手掌验功，掌一双准一功。凡有军官衙门所在，手掌如山积。而成都城内人掌，则更几于假山之万叠千峰矣”。
对于不能按时完成“剿匪”任务，或者出现士兵逃亡的将领，轻辄军棍打骂，重则实施剥皮酷刑。抚南营内的都司张斗南逃跑了，张献忠大怒，除将军都督外，凡抚南路全营大小官员全部诛杀。
为了防止某些官员和军人心慈手软放人，张献忠制定了严格的惩罚计划：“倘有漏网者，或于别处发觉，罪其领兵官”。曾有这样的记录：“尝见郫县解来一个逃民，审讯之后，发现系峨眉人，于是负责查剿峨眉的官员洪都督被剥皮”。
《明史》记载：“贼将有不忍至缢死者。伪都督张君用、王明等数十人，皆坐杀人少，剥皮死，并屠其家。……其惨虐无人理，不可胜纪”。
在这一过程中，连张军内部的不少中低级将领，都觉得难以忍受，最终在巨大的精神压力下选择自杀。“其偏裨不忍行刑，多自经于道路”。为什么自杀？因为不杀别人，自己会被活生生剥皮，如果剥皮未完成而受刑者死去，施刑的人又会被处死。
如此严厉，各地官兵只有多杀多剿，哪敢放走一个？经过半年的屠杀，仅川中各县，就有几十万余人死在屠刀之下。
大顺三年（1646年）七月，在杀尽了平民后，张献忠打算启程撤离成都了。为了不给其他人留下完好的城池，他决定一把火烧光。 《客滇述》记载：“八月，献忠毁成都城，焚蜀王宫殿，并焚未尽之民房。凡石柱亭栏，皆毁之；大不能毁者，更聚薪烧裂之。成都有大城小城，本张仪所筑，汉昭烈帝修之。甃以巨石，贯以铁絙，壮丽甲天下。宫殿之盛，亦不减京师。至是，尽为瓦砾矣”。
不止是烧光成都，张献忠还下令烧毁各地市区和郊区的房屋：“献贼移师出城，驻营于郊。令各营纵火烧毁房屋。一时各郡县城野庐舍俱烬，未尽残木必攒焚成灰而后止”。
既然不做大西皇帝了，那就要毁灭一切，包括自己家人。张献忠“尽杀其妻妾，一子尚幼，亦扑杀之”；他杀死了宫中三百多名嫔妃和侍女，自己的儿子女儿也全都杀掉，只留下二十名宫女服侍其生活。
张献忠杀光四川百姓以后，就会住手了吗？不！接下来，他又要对他手下的士兵大开杀戒。